Même si on a raté le train, il n'est pas déraisonnable de chercher à attraper le suivant. Ainsi, il faut se mettre à Powershell. D'autant que le nouveau Terminal de Windows 10 nous le propose par défaut.

Voici une commande pour convertir tous les fichiers d'un dossier contenant des FLAC en MP3, avec ffmpeg.

gci -filter *.flac -file | Foreach-Object {ffmpeg -i $_.FullName -ab 320k -map_metadata 0 -id3v2_version 3 "$($_.BaseName).mp3"}

La commande fonctionne avec tout type de fichier que ffmpeg pourrait réussir à convertir en MP3 et génère simplement une erreur lorsqu'elle recontre un fichier qu'elle ne peut pas traiter.